肝胆管结石的手术治疗方法有很多，需要根据肝胆管结石的部位、有没有合并胆管狭窄以及肝脏萎缩的情况来决定。常用的手术方法有肝切除术、有胆管小肠吻合术、有胆管切开取石术和肝移植术。其中肝切除术是最常用也是最有效的手术方法，主要是针对局限于肝脏内某一区域内的结石。如果同时合并有肝胆管狭窄、肝组织萎缩、脓肿及胆瘘、胆道出血甚至胆管癌这些情况，切除范围就要扩大了，否则很容易导致结石残留、复发、胆管损伤等情况。胆管切开取石术和胆肠吻合术主要是针对肝外胆管狭窄合并结石的有效的治疗手术。但对于肝内胆管结石以及狭窄的治疗效果是有限的，全肝胆管充满型的结石、肝功能受损甚至危及生命的情况，以及合并有肝硬化门脉高压症、肝胆管硬化性胆管炎、囊状扩张症等这些情况，肝移植无疑是最佳的选择，但肝移植因为存在供肝短缺、伦理问题和经济问题，在我国还无法普及。