巧克力囊肿实际上就是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症是由于正常位置的子宫内膜异位到卵巢、盆腔、子宫及其他部位导致的。
如果异位在卵巢，卵巢里的内膜异位病灶每个月剥脱、出血就形成囊肿，类似于巧克力状，所以叫巧克力囊肿。巧克力囊肿的治疗，如果巧克力囊肿为2-3cm可以暂时观察或者使用中药。
如果巧克力囊肿反复破裂、肿瘤标记物增高或者生长比较迅速，此时需要在手术帮助下治疗，行巧克力囊肿剥除术。术后还给予一定的随诊，控制其复发和生长新的巧克力囊肿。