支原体是大小和结构介于细菌和病毒之间，能在无生命培养基中生长增殖的最小微生物，缺乏细胞壁。从人泌尿生殖道分离出的支原体有六种，其中人型支原体、解脲脲原体、生殖支原体与泌尿生殖系统疾病密切相关，可以导致尿道炎、宫颈炎、附睾炎、前列腺炎、细菌性阴道病、不育和不孕等，盆腔炎、肾盂肾炎，还有妊娠不良结局、流产等。
衣原体它是一类细胞内寄生的微生物，革兰阴性菌，它包括四个种，有沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体和猫心衣原体。沙眼衣原体引起的疾病范围广泛，可以累及眼、生殖道和其他的脏器。
在女性引起的疾病，包括有症状和无症状的宫颈炎、肝周围炎、急性输卵管炎，并可继发不育。在男性引起的疾病包括有症状和无症状的尿道炎和急性的附睾炎。男性、女性均可发生衣原体的直肠炎和结膜炎等。