沙眼衣原体一般通过性接触传播，也可以通过密切接触传播，比如接触沙眼衣原体感染患者的分泌物后，通过手、眼途径传播，可以导致衣原体性结膜炎。新生儿通过沙眼衣原体感染孕妇产道时，可以感染导致新生儿结膜炎、新生儿肺炎等。