眼睛近视激光手术的手术副作用常见有弥漫性板层角膜严炎、薄纱或薄雾状视物不清、眩光的视觉不良现象、角膜基质层间雾状混浊、角膜感染、屈光度数回退、欠矫或过矫、小切口处上皮岛或上皮植入、视力恢复延迟、角膜板层层间微皱折、干眼症、眼压增高等。
这些手术副作用发生的几率很小，即使出现了，一般随着时间推移或使用药物后基本都能控制，不会导致严重的后果。
除非角膜感染不能控制，或者角膜切削过多残存的角膜过薄，发生不能控制的圆锥角膜，会对视功能发生严重的影响，这些几率较低。