系统性红斑狼疮性肾炎最终的预后，主要与狼疮本身病情活动度和肾脏具体病理类型有关系。如果狼疮肾炎的病理类型是Ⅲ型或者Ⅳ型，这种情况一般预后比较差，最后可能会进入终末期肾病尿毒症透析治疗。如果狼疮肾炎本身病情活动比较轻，而且药物控制非常理想，病理类型表现为Ⅰ型或者Ⅴ型，也就是微小病变或者膜性肾病，使用足量的糖皮质激素联合环磷酰胺或者吗替麦考酚酯，有时候使用他克莫司或者中药雷公藤一般都有比较好的效果，少数病人可以完全治愈。