眼皮上长扁平疣的治疗方法，首先肉眼可见的疣体需要用二氧化炭激光或者微波轻轻的处理就可以。有的地方没有这些设备，还可以用液氮轻轻地冷冻，也是可以处理的。扁平疣是病毒性病毒感染引起的，病毒感染主要跟机体的抵抗力下降有关系，所以对于扁平疣预防它的复发是非常重要的。如果平常经常发扁平疣，建议要锻炼身体，增强体质。在药物方面的话可以口服提高抵抗力的或者调节免疫的药物，比如转移因子胶囊、胸腺肽等。如果只是短暂的在眼皮上少量的扁平疣，就用二氧化碳激光、微波或者液氮等处理就可以。这个疾病非常的表浅，处理完以后一般3-5天就可以修复。