多系统萎缩的症状分三大类：
一、自主神经功能障碍，常见的临床表现有尿失禁、尿频、尿急、尿潴留、男性勃起功能障碍、体位性低血压、吞咽困难、瞳孔大小不等和霍纳综合征、哮喘、呼吸暂停和呼吸困难；斑纹和手凉是自主神经功能障碍所致；男性最早出现的症状是勃起功能障碍，女性为尿失禁。
二、帕金森综合征，主要表现为运动迟缓、伴有肌强直和震颤，双侧可以同时受累，但可轻重不同，抗胆碱药可缓解部分症状，多数对左旋多巴治疗反应不佳。
三、小脑性共济失调，临床表现为进行性步态和肢体共济失调，以下肢的表现为突出，并有明显的构音障碍和眼球震颤。检查可发现下肢受累较重的小脑病损体征，当合并皮质脊髓束和其他椎体外系症状时，常掩盖小脑体征的发现。
四、其他的症状，20%的患者会出现轻度的认知功能损害，可见肌张力障碍、下颌震颤和肌阵挛；部分患者会出现肌肉萎缩，后期会出现肌张力增高、腱反射亢进和病理征阳性；少数可以有视神经萎缩、眼肌麻痹。