在临床上肛瘘外涂药膏主要是针对外口出现的感染发炎、红肿，使用消炎的药膏。比如可以选择百多邦软膏、红霉素软膏或者是麝香痔疮膏等药物，可以缓解局部不适。
在治疗肛瘘方面，外涂药膏起不到很大的作用，反而可能会耽误治疗的时机。一般情况下，肛瘘是由内口、瘘管以及外口组成。如果单纯的外口症状改善，但内口以及瘘管没有清除干净，反而瘘管会越来越多，形成复杂性肛瘘。
临床上对于肛瘘的治疗，一般建议采取手术治疗清除干净内口以及瘘管，才能根治肛瘘。不然容易出现高位复杂性肛瘘，导致后期肛门括约肌损伤更加严重，甚至肛门失禁等现象。所以在临床上，一旦发现肛瘘，建议尽早采取手术治疗。