肛瘘手术后伤口不愈合，可能是由于创面存在假性愈合的情况，对于这种情况需要选择探针探查进行挑开，再进行换药治疗。可能是肛瘘手术后还存在内口或者瘘管没有清除干净，这种情况需要复查盆底核磁共振，确诊是否存在内口或者瘘管没有清除干净，必要的情况下可能需要三个月之后再次进行肛瘘手术的治疗。同时，患者可能本身存在糖尿病、结核病、克罗恩病、溃疡性结肠炎等疾病，这些疾病本身也会影响创面的愈合，导致创面经久不愈，而且创面可能会存在发白的现象，对此则需要针对性治疗基础疾病，能够才能促进创面的愈合。