肛瘘手术后大便疼痛是很正常的一种临床症状，是由于肛瘘手术常常采用的是开放性创口，因此大便的时候容易刺激到伤口引起疼痛，这是很正常的临床表现。如果大便疼痛难以忍受，可以适当口服止痛药，比如布洛芬或者氨酚可待因等等。一般肛瘘手术后10-15天大便疼痛可以明显缓解，可以耐受。如果大便疼痛持续不能缓解，建议到医院就诊，进行专科检查，看是不是由于肛瘘术后伤口感染或者其他原因引起。