肺泡灌洗液可以检查普通的细菌培养、真菌培养、找结核杆菌及脱落细胞学检查，也可以进行相应的核酸检查、基因检查，通过相应的细菌培养可以帮助鉴别、诊断患者患有哪一种细菌感染的肺炎、肺部感染。
如果在肺泡灌洗液中找到了结核菌，就可以确诊患者是肺结核。如果检查脱落细胞学检查，从肺泡灌洗液中查出来有癌细胞，可以确诊患者有肺癌，进行相关的核酸检查、基因检查，也可以帮助医生查找、诊断出患者患有哪一种病原体引起的疾病。