肠炎根据病因不同也分为不同种类，临床有病毒性肠炎、细菌性肠炎、真菌性肠炎、寄生虫性肠炎、抗生素导致的肠炎、非特异性溃疡性结肠炎。对于病毒性肠炎和细菌性肠炎来说，一般不需要药物治疗，可自愈。真菌性肠炎需要抗真菌治疗。寄生虫性肠炎需要根据寄生虫的种类选择相应的杀虫药。抗生素性肠炎又叫伪膜性肠炎，避免抗生素的滥用是此种肠炎最重要的治疗原则。此外，可以采用添加服用肠道菌群调节剂，常喝酸奶等治疗措施。溃疡性结肠炎由于会出现黏液脓血便，常用5-氨基水杨酸治疗。中医治疗肠炎则采用健脾化湿治法。