胃食管反流病的发病原因主要有抗反酸屏障，食管对反流物的清除和食管黏膜对反流攻击作用的抵抗力以及食管下括约肌的松弛所导致。食管清酸作用下降，食管裂孔疝可形成。食管裂孔疝的形成和降低食管对酸的清除能力，并使下食管括约肌压力下降，从而削弱了抗反酸屏障功能。食管黏膜屏障长期吸烟、饮酒和精神神经功能障碍等因素，可削弱食管黏膜屏障功能。反流物对食管黏膜的攻击作用，胃酸和胃蛋白酶是造成食管黏膜损伤的最主要成分，胆汁的非结合胆炎和胰酶，也参与了部分胃食管反流病患者的黏膜损伤过程。