灰指甲久治不愈有很多种原因，如果诊断明确，仅是通过外用药物一般很难彻底治愈，因为外用药物很难渗透到甲板，产生杀灭真菌的作用。
除非是仅浅表受累，或远端少许指甲受累的情况可以选择外用药，而且外用药主要要选择，如阿莫罗芬甲涂剂、环吡酮胺甲涂剂才有治疗的作用，单纯的药膏药水，并不能够治愈灰指甲。
除此之外，如果选择了系统口服药物也不能够治愈，也可能不是皮肤癣菌所引起的，需要做真菌的培养，必要的时候可能需要做药敏鉴定，才能将灰指甲治愈。