肠镜检查有一定的痛苦，胃肠镜检查主要是通过结肠镜进入到直肠和乙状结肠，能观察到成年膜皱襞上有无水肿，癌变，出血，肿瘤，息肉等疾病，所以整个检查的过程要经历半个小时左右。
在这半个小时以内，会感觉到特别的不舒服，但是如果出现了大便习惯性状改变，伴有腹部的肿块，大便潜血，大便发黑，或者肿瘤标志物比较高的话，就需要行肠镜检查，排除大肠的疾病。
如果不愿意进行肠镜检查的话可以行胶囊内镜检查，能够看到小肠和大肠的病变，更安全，无痛苦性。