肛瘘的手术费用主要跟肛瘘的严重程度，以及术后治疗时间有直接关系。以三甲医院为例，如果为单纯低位性肛瘘，一般治疗费用在6000-7000元左右，住院时间大概在1-2周，这样费用相对会比较低。
但是如果为高位复杂性肛瘘，术后时间相对比较长，而且手术相对比较复杂，可能需要两次手术治疗，所以费用相对会比较高，在1万元左右，具体看术后的恢复情况。
对于肛瘘手术治疗，主要是清除内口、瘘管，避免后期再次复发，一定要保留好肛门括约肌以及肛管直肠环，避免术后创面过大，导致患者出现肛门失禁的现象。