海马具有升阳解肌，透疹止泻，除烦止温等临床功效，在临床中对于肾阳不足、身体虚弱、久喘不止、虚劳咳嗽、哮喘、男女不孕症、女子阳气不足、肾精不足而出现的不孕，或者跌打损伤出现的头痛以及内伤引起的疼痛，都有良好的治疗作用。
现代医学表明，它还具有类似激素的功效，具有延缓衰老、抗疲劳、增强身体免疫力，还有抗癌的功效。所以，在临床应用中，对于肾虚、脑萎缩以及小儿发育迟缓、营养不良、心肌供血不良、慢性哮喘、慢性衰竭、肿瘤、骨折等疾病，都有良好的治疗作用。
在临床应用中，可以通过海马泡酒或者配合其他中药做成丸剂以及熬汤，来调理身体健康。