白塞氏病目前病因不明，有一定的遗传性，与HLA-B5以及相关的B51亚型有关，有一些病人可能与结核的感染相关，也可能与生活的环境有一定的关系。目前认为该病的发病机制是患者在各种发病原因的作用之下出现免疫系统功能的紊乱，包括细胞免疫、体液免疫的失常，使中性粒细胞功能亢进，内皮细胞损伤与血栓形成，免疫系统针对自身的器官组织产生了反应，导致器官和组织出现炎症，产生了破坏，引起白塞氏病。