乙肝小三阳携带者已经感染了乙肝病毒，不能够注射乙肝疫苗，也不要注射抗乙肝免疫球蛋白，建议每半年定期进行肝病体检，体检的目的主要是随访是否有肝炎发作。
如果一旦出现肝炎发作，就需要口服抗病毒药物进行治疗，推荐的抗病毒药物包括恩替卡韦及替诺福韦，能够有效的抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率。乙肝携带者如果在定期的随访当中没有出现肝炎的发作，就属于健康携带者，健康携带者不需要任何药物治疗，寿命和健康的人群是一样的，只需注意每半年定期进行体检即可。