γ-谷氨酰转肽酶对各种肝胆疾病有一定临床诊断价值，在大多数肝胆疾病当中，其活力均偏高，而不只是在乙型肝炎(乙肝)当中会升高，如各种原因引起的肝硬化、脂肪肝、酒精性肝炎，乙型肝炎病毒以外的病毒引起的急性肝炎，也会出现γ-谷氨酰转肽酶偏高。嗜酒或长期接受某些药物，如苯巴比妥、苯妥英钠时，血清γ-谷氨酰转肽酶的活性也通常会偏高，口服避孕药也会使其升高。所以，不能以γ-谷氨酰转肽酶偏高确诊是乙型肝炎。
乙型肝炎的诊断需要依赖于病原学检查，或者是乙型肝炎病毒核酸检测。当乙型肝炎表面抗原、乙型肝炎e抗原，或者是HBV-DNA阳性时，可以作为诊断乙型肝炎的依据。因为在乙型肝炎和其他肝胆疾病当中，都会出现γ-谷氨酰转肽酶升高，故不能以γ-谷氨酰转肽酶偏高鉴别是否是乙型肝炎，但在不同肝胆疾病当中，其升高的程度不同。