三叉神经痛的原因比较复杂，因为三叉神经痛分原发性和继发性。继发性的原因主要是三叉神经邻近组织的肿瘤侵蚀所致，以及三叉神经邻近部位的血管瘤、血管畸形等对三叉神经的影响。原发性三叉神经痛主要是病因不是十分明确，目前认为主要是三叉神经的脱髓鞘改变，造成三叉神经的异位放电，及微突触传递造成的三叉神经异常放电性疼痛。