强直性脊柱炎的病因至今没有完全明确，一般认为可能与遗传、环境因素和免疫学异常有关。首先，遗传易感因素和强直性脊柱炎高度相关，B27阳性患者患强直性脊柱炎的几率，是B27阳性者的200-300倍，强直性脊柱炎的易感性大部分都是由于遗传因素决定。另外，环境因素和免疫学异常，也很可能是导致强直性脊柱炎的原因，其中肺炎克雷伯杆菌可能是导致强直性脊柱炎的病因之一。强直性脊柱炎骶髂关节部位，存在着明显的炎性T细胞浸润，说明免疫学异常和强直性脊柱炎也息息相关。