肛门镜的检查，是肛肠科检查肛门周围的主要方式。它的操作很简单，检查之前首先帮助患者消除紧张的情绪，然后选择适当的体位，一般采取侧卧位、膝胸位。
现在使用的肛门镜一般都是筒状的，检查之前在肛门镜的镜体上涂上适量的润滑剂，先使用肛门镜的头部在肛缘做适当的按揉，待到肛门松弛以后，再将镜头缓缓的插入肛门里，进镜的方向应该指向患者的脐部，通过肛管以后，再改向骶尾部方向继续插入，这样插入会比较顺畅一些（因为有肛直角的存在）。
等到镜体完全插入到直肠里面的时候拔除镜栓，然后边退镜，边观察肛管和直肠的情况。