眼肌型重症肌无力可采取对症治疗，主要包括胆碱酯酶抑制剂溴吡斯的明的治疗，其对于改善上睑下垂的效果比较明显。如果病情比较重，还可以使用激素冲击治疗，但要注意肌无力危象的发作，也可以使用静脉注射丙种球蛋白治疗。
此外，还可以使用免疫抑制剂治疗，如硫唑嘌呤、他克莫司、吗替麦考酚酯等治疗。对于伴有胸腺肿瘤或者胸腺增生的眼肌型重症肌无力，手术切除胸腺对于眼肌型重症肌无力可能也有一定的作用。