化脓性扁桃体炎为特殊的细菌感染，通常在临床上引起的患儿症状比较严重，例如高热不退、退热药效果不理想等，需要积极的使用抗生素抗感染治疗。
在没有药物过敏史的情况下，可以首选青霉素类和头孢菌素类进行抗感染治疗，对这两类药物过敏者可以选择阿奇霉素、红霉素等其他药物抗感染治疗。
部分患儿症状严重、高热持续、病程较久，则需要考虑静脉输注抗生素治疗。因为这种疾病为特殊菌群感染导致，对于体质特殊的、个别病情严重者，容易诱发机体的免疫性损伤，出现一系列的并发症。
所以治疗原则上要保证系统、足疗程合理地使用抗生素，以彻底清除致病源，清除感染灶。同时可以针对发热、咽痛等情况对症治疗，例如发热较高时适当使用布洛芬或对乙酰氨基酚等退热处理，咽痛明显时可以使用开喉剑进行局部口腔护理等等。