引起上呼吸道感染的病原体主要是病毒，其它的还有细菌、不典型病原体、立克次体等。上呼吸道感染的70%-80%是由病毒感染引起来的，只有20%-30%是由细菌或其它病原体感染。常见的病毒有副流感病毒、鼻病毒、腺病毒、柯萨奇病毒等。细菌感染则以甲型溶血性链球菌最为常见，其它的还有流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。