一般灰指甲最常见导致的原因就是表皮癣菌感染，也有些患者是由于酵母菌及霉菌感染所导致。临床上常见的导致甲真菌病的表皮癣菌，如红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌，而酵母菌则主要是念珠菌以及马拉色菌，还有柱顶孢霉菌以及短帚霉菌也可以导致甲癣发生。其实在临床上，灰指甲具体由何种真菌感染，其实对治疗并没有特别大的帮助。因为灰指甲的治疗上所选用的抗真菌药物，一般对这些真菌都具有普遍的杀菌作用。而且其实在临床上，有的时候同一个患者可能由两种或者多种致病的真菌感染所导致。