肛周脓肿换药的时候疼痛并不十分明显，在脓肿的治疗过程中，要根据脓肿的原因，采用不同的治疗方法。如果肛周脓肿仅来源于肛周表浅软组织的感染，这样的脓肿如果出现了波动感，及时的切开引流，并配合应用抗生素，这类脓肿可以很快的缓解。在换药的时候主要是用碘伏、双氧水清洗伤口，并根据情况适当的放置一些引流，这些操作患者疼痛大多是可以忍受的。
如果肛周脓肿和肛瘘有关，为了治疗这种脓肿，只有将肛瘘彻底的切开，肛瘘愈合，肛周脓肿才会消失。但是肛瘘的切开常常会产生非常剧烈的疼痛，换药的时候患者也会有明显的疼痛感，因此肛周脓肿的疼痛等级是根据患者的疾病情况来决定的。