口腔溃疡一般有自愈性，通常病程在7-12天左右，如果口腔内有一处口腔溃疡，已经经久不愈超过1个月，就要引起警惕，很有可能并不是口腔溃疡，而是口腔癌的表现，需要及时到口腔科就诊，由医生切除并进行病理诊断。
如果只是反复的喜欢发作口腔溃疡，但是溃疡的部位时常发生变化，称作复发性阿弗他溃疡，是因为患者的抵抗力出现缺陷。可以通过在溃疡的周围注射转移生长因子，配合口服转移生长因子，提高自身免疫的抵抗能力，这样复发性口腔溃疡就可以治愈。