脸上扁平疣的最佳治疗方法可以分为以下几类：
第一、口服药物治疗，可以应用口服的中药治疗，中药成分可以包括马齿苋、紫草、板蓝根、大青叶、红花、赤芍、香附、木贼等煎水口服，一天两次。另外，还可以口服提高机体免疫的药物，比如转移因子、匹多莫德口服液、胸腺肽肠溶胶囊或者香菇菌多糖片等。
第二、外用药物治疗，外用药物可以应用抗病毒的软膏，比如重组人干扰素α2b软膏、咪喹莫特软膏，或者应用剥脱角质的软膏，比如维a酸软膏。
第三、冷冻方法治疗。