肛瘘的形成和肛隐窝持续、反复感染有关。肛瘘的临床表现主要是局部外口间断性、持续性流脓，以及内口有感染的情况。肛瘘早期有可能是局部的肛周脓肿，当肛周脓肿自行破溃或者切开引流以后，内口、外口以及局部的瘘管进一步形成肛瘘。
肛瘘形成以后，由于内口持续性的感染，会导致外口间断性、持续性地出现流脓性分泌物的情况，急性发作期还有可能导致局部皮肤组织的红、肿、热、痛。确诊为肛瘘以后，建议患者尽早进行手术治疗，肛瘘只有通过手术才能治愈，如果只是单纯的局部外用消炎药物，只能暂时缓解症状。