睡觉时间长头疼是因为大脑过度疲劳，过度睡眠会扰乱人体的生物钟，生物钟控制着身体的日常周期，而生物钟是由下丘脑生物钟调节和控制的。当睡眠过度时，会影响生物钟的昼夜节律控制，出现头疼等不适。
过度睡眠会增加患糖尿病、心脏病和肥胖的风险，还可能因为特殊的工作原因，或者睡眠环境不舒服、睡眠障碍出现头部不适等问题。睡觉时间应根据正常的作息时间进行调整，以恢复正常的生物钟功能。睡眠时间较长头痛，在这种情况下，需要及时起床，不要躺在床上，起床后，可以做活动，首先要注意不要做剧烈的活动，可以舒展筋骨，做运动或其他小范围的运动就可以。