环磷酰胺是一种抗肿瘤药，同时也具有免疫抑制的功效，长期使用容易发生一些副作用，比如可以导致胃肠道反应，患者容易出现恶心、呕吐、食欲不振等。
除此之外对血液系统有一定的损伤，会导致骨髓抑制，患者使用之后会出现白细胞的减少、血小板的减少，可能和使用的疗程和剂量是密切相关的。
另外有一个比较特色的不良反应，可以引起出血性的膀胱炎，因此在使用的时候一定要注意密切观察尿液的变化，出血性膀胱炎的发生可能和剂量是密切相关的。
也可以导致对生殖系统的影响，特别是对于男性生殖系统的影响，会导致精子质量的下降或者精子数量的下降，和用药的疗程也是相关的，可能是长时间或者比较大的剂量容易发生这种不良反应。
除此之外，也和其它的抗肿瘤药一样导致患者的脱发。在使用期间，特别是对于长期使用的患者，应该密切监测患者的肝、肾功能，防止长期用药所导致的肝、肾功能损伤。