治疗急性扁桃体炎的首选药物是青霉素类和头孢类的药物，因为急性扁桃体炎的致病微生物常常是链球菌，而青霉素类和头孢类的药物对链球菌感染的疾病比较敏感。青霉素类药物常见的有青霉素、美洛西林钠，头孢类常见的药物有头孢克洛片、头孢克肟片，输液的有头孢孟多酯钠、头孢唑林钠、头孢西丁钠等等。
青霉素过敏者居多，头孢类也因为饮酒会产生双硫仑样反应，因此很多人不适合使用青霉素和头孢类的药物。还要推荐的药物就是阿奇霉素或者罗红霉素等等，如果口服药物治疗效果欠佳或者病情发展较快的时候，可以使用同类的药物的液体制剂，也就是经过输液来治疗，针剂进行治疗，效果往往比较好。