治疗传染性软疣常用的外用药以抗病毒药物为主，比如0.1%的维A酸霜、5%的氢氧化钾溶液、硝酸银软膏或者0.3%-0.5%的鬼臼毒素霜等；也可以外用斑蛰素刺激局部的炎症反应，会达到良好效果，或者用咪喹莫特软膏。
有一些顽固的患者皮损比较多，可以用液氮冷冻治疗，液氮冷冻创伤比较小，对于多发患者是比较方便的治疗方法。
传染性软疣的治疗目的，是将损害中的软疣小体完全挤出或者挑除，对于散发的可以用镊子或者血管钳夹住疣体，将之刮除，然后用碘伏消毒，压迫止血。