胆总管结石有两大类的原因：第一类原因，目前有超过一半的胆总管结石是从胆囊结石继发的，就是胆囊结石经过胆囊管掉下来的，现在这部分比例越来越多。第二类原因，从肝内的胆管形成结石，然后排入胆总管形成胆总管的结石。原发于胆总管结石的情况比较少，也有一些在胆管下端出口附近有十二指肠的乳头旁憩室等等，这类的因素可以导致原发性的胆总管结石，但比较少。