支原体感染的潜伏期较长，一般潜伏为2-3周。支原体在泌尿生殖道存在定植现象，人群中存在相当数量的支原体携带者，没有症状和体征，以解脲支原体最为突出。支原体感染易引起泌尿道、生殖道的炎症，如尿道炎、阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎等，严重者可引起孕妇感染，引起胎膜早破、早产、胎儿低体重出生。女性感染部位常在宫颈，侵袭阴道，导致支原体阴道炎多无明显不适，少数重症病人有阴道下坠感。当感染扩散至尿道时会出现尿频、尿急，感染局限在子宫颈时，表现为白带增多、浑浊，子宫颈水肿、充血或表面糜烂，感染扩散至尿道时，可以表现为尿道口潮红、充血，挤压尿道有少量的分泌物溢出，男性感染还可以影响精子活动。
肺炎支原体感染引起的症状起病缓慢，潜伏期为2-3周，病初有全身不适、乏力、头痛等症状，2-3天后出现发热，体温常达39℃，可持续1-3周，可伴有咽痛、肌肉酸痛。咳嗽为本病的突出的症状，一般于病后2-3天开始，初为干咳，后转为顽固性剧咳，常有黏液痰、偶带血丝，少数病例可类似百日咳样阵咳，持续1-4周。