女性大三阳的危害是有发展成肝硬化和肝癌的风险，乙肝大三阳也可以传染给新生儿。乙肝大三阳通常提示乙型肝炎病毒载量比较高，乙型肝炎病毒的复制比较活跃，高载量病毒是乙肝肝炎发展成肝硬化和肝癌的高风险因素。所以，应该尽早行抗病毒治疗，治疗目标是最大限度的抑制病毒复制，减少肝硬化和肝癌的发生。
此外，乙肝大三阳的孕妇还可以将乙型肝炎病毒在围产期传染给新生儿。所以，新生儿出生后24小时之内，应该注射抗乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗进行母婴阻断治疗。有数据报道，乙型肝炎母婴阻断治疗成功率可以达到95%左右。