贲门癌最佳的手术方式没有标准的方案，主要看病期。如果是贲门癌早期，可以做内镜下ESD手术，也就是最微创的手术，但手术方式需要严格的手术适应证，分化比较好，面积一般小于1.5cm，还要看分化类型，是由专科医生判定能不能做内镜下的ESD手术。
早期的贲门癌部分也可以做近端胃切除，切除近端1/2或1/3的胃，还能保留一部分胃，这个手术方式也有弊端，因为手术贲门切除之后，胃液容易反流到食管，也就是常说的术后胃食管反流症状，比如烧心、胸骨后疼痛，严重时会影响患者的生活质量。
如果是中期贲门癌，现在国际上主流的手术方式还是根治性的全胃切除加标准的D2淋巴结清扫，根治度比较高，治疗的方式比较标准，术后患者的生活质量会稍稍好一些。