跑步头疼的原因有以下几种：
1、由于大脑缺氧导致，一般在跑步时往往会导致血液流向全身肌肉，使全身肌肉供氧增加从而导致大脑缺血、缺氧，会损伤脑神经出现疼痛，尤其在长时间跑步情况下更会加重头疼的现象。
2、跑步引起头疼也许是脑血管意外，一般跑步时容易导致颅内血管压力升高，容易使脑血管破裂出血而导致剧烈的头疼，这时应及时前往医院做CT进行排查诊断。
3、跑步引起头痛也有可能是过分疲劳所致，由于长跑引起疲劳以后会使脑神经反射出现异常，同时也可以使脑血管痉挛性收缩，这些都可以导致头疼。