先天性巨结肠在疾病的性质上属于外科疾病，根据不同的类型会有相应的治疗措施。如对于超短段型或者短段型的巨结肠，在治疗上可以先以扩肛为主，如果扩肛治疗效果没有达到预期的目的时，再考虑手术治疗。治疗巨结肠最主要的手段是手术，手术方式多种多样，针对不同巨结肠的类型，会有不同的手术方式。通过手术治疗，绝大部分孩子在排便功能、生长发育方面都得到了极大的提高。目前，随着微创技术的进步，腹腔镜下巨结肠根治术已经得到了广泛的临床应用，从手术效果看，孩子术后恢复都有很大的改善。