肛瘘拆线是否疼痛与线的性质以及位置有很大的关系。如果采用的是肛瘘切除缝合法，缝合线在肛门旁，这种情况下拆线不疼痛，除非缝合的部位在肛管里面，因为肛管紧闭，拆线时括约肌被牵拉可能会有一定的疼痛。
还有高位肛瘘的挂线疗法，因为挂线位置比较高，在肛管内挂线被牵拉刺激，拆线的时候可能会有疼痛。引流挂线当脓液引流干净后需要拆除挂线，因为是松驰挂线所以拆线时也不疼痛，因此不用过于紧张。