布加综合征是一种进行性损害性疾病，自己是不可能治愈的，愈后比较差，它的自然病程主要取决于疾病的严重程度、病变的部位以及病变的性质、病变的范围，以及自身代偿的情况。一般情况，如果肝段下腔静脉阻塞为主的病程比较长，如果以肝静脉为主的，它的病程就比较短，有些急性发病的病程更短，有些在很短的时间内就会出现严重的症状，最终会出现肝硬化、肝淤血、肝昏迷、肝肾综合征、感染甚至合并肝癌而死亡。所以布加综合征的非手术治疗效果不佳，死亡率是100%的。