复发性口疮的原因很多，可能跟食物、药物、自身免疫疾病、遗传因素、微量元素缺乏，还有营养不良等等有关，这些原因都有一定关系。另外一些其它的系统性疾病也可以表现出复发性口疮的症状。比如胃溃疡、十二指肠溃疡、肝炎、维生素B2缺乏综合征，这些系统性的疾病也可以表现为复发性口疮。