慢性尿道感染有可能是因为急性尿路感染治疗不彻底，遗留很多细菌造成，也有可能是因为自身尿路存在畸形，或者存在尿路结石，还有可能存在感染灶而造成。之前存在治疗不彻底时，慢性尿路感染可以长期使用抗生素进行治疗，治疗的时候要应用比较敏感的药物，很可能需要联合用药，应用时间可能也比较长，最长的甚至可以达到半年左右，才能将细菌完全杀灭断根。
最好做尿细菌培养通过细菌培养加药敏试验，分析哪几种抗生素对细菌敏感，是在没有明显尿路结石以及尿路畸形的情况下所采用的方案。有明显的尿道结石应该首先治疗尿路结石，有畸形能处理的则处理有利于慢性尿路感染断根。