脑部核磁共振检查可以查出多种疾病，最常见的还是中枢系统的疾病，其中又以脑卒中，也就是脑血管意外最为常见。当突发有单侧肢体乏力或者偏瘫的时候，往往都需要做脑部的磁共振检查，脑部磁共振检查中的弥散序列，可以有效的识别出超急性、急性脑梗塞，帮助临床快速的诊断以及治疗。
脑部磁共振检查在诊断中枢神经系统的肿瘤性病变中，也会有巨大的优势，当怀疑有脑部占位时，都需要做脑部磁共振检查来进一步鉴别诊断。