手足口病和口腔溃疡是两个疾病，它们的区别首先应该是病因上。手足口病是因为感染病毒导致的疾病，这些病毒主要是肠道病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒等。但是，口腔溃疡并不是一个传染病，并没有相关的病原体，它仅仅是由局部黏膜的改变导致的，有一些可能是白塞病，与自身的抗体有关系。从中医方面分析，口腔溃疡可能仅仅是上火，联系不到任何一种的病原体。另外，可以从它们的症状上分析。手足口病可以出现手、足的疱疹、丘疹；而口腔溃疡并没有口腔之外皮肤的任何改变，白塞病有可能出现外阴的溃疡，但是，也并不是疱疹。手足口病的疱疹性咽峡炎出现在咽峡部，也就是两侧咽腭弓的位置，或者上腭的后面，也就是软腭靠近悬雍垂的位置，是明显的红色丘疹、疱疹，如果破溃也可以出现明显的疼痛。而口腔溃疡出现的部位并不在烟峡部，而是出现在嘴唇的附近，一般并不会深入到软腭的位置。