生殖器部位长疱疹先要进行抗病毒的治疗，可以口服抗病毒药物，比如像阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦，局部外用阿昔洛韦乳膏、喷昔洛乳膏或者干扰素凝胶都有效，在一周左右生殖器疱疹的症状就会缓解、痊愈，但是在机体免疫力下降的时候，疱疹还可以复发，所以平时要注意加强锻炼，生活作息有规律，避免熬夜、上火、劳累、酗酒等，因为这些都容易导致生殖器疱疹的复发。
如果复发频繁，可以适当使用免疫调节性药物，比如像转移因子、胸腺肽等，可能有一定的效果。另外，生殖器出现疱疹的时候，一定要注意避免和他人发生密切接触，以免导致交叉感染，引起他人也感染疱疹。