病灶是指机体发生病变的部分，如肺的某一部分被结核杆菌破坏，这部分就是肺结核病灶。一个局限的具有病原微生物的病变组织就称为病灶，就像“匪穴”一样，隐藏在体内某一个角落或者部位，里面窝藏着致病细菌或者其他病原微生物，人体中任何组织的器官病变都会成为病灶。
病灶里虽然有病原体，但平时仅能危害其所在部位的组织，但是，当出现上呼吸道感染、过度劳累等情况，即人体抵抗力下降的时候，它们就有可能兴风作浪，感染身体其他部位导致发病。